El Seminario Bíblico de la Unión Cristiana Evangélica, tiene sus inicios con los misioneros Jorge y María Allan, provenientes de Nueva Zelanda. Quienes llegaron a Bolivia en el año 1903, con el propósito de aprender la lengua quechua; para ello radicaron en la ciudad de Cochabamba.
Tras la disolución de su misión que los apoyaba, en 1907 fundaron la organización denominada Bolivian Indian Mission (BIM). Dos años más tarde decidieron trasladarse a San Pedro de Buena Vista, ubicado al norte del departamento de Potosí, considerado como lugar estratégico para la evangelización a los Quechuas. Desde allí realizaron su ministerio junto a otras personas hasta el año 1930, fecha en la que retornaron a Cochabamba con la visión de evangelizar a todo el territorio Boliviano.
Ante el crecimiento de la iglesia, Jorge y María Allan junto con otros misioneros vieron la necesidad de capacitar al liderazgo de la iglesia, para ello en el año 1938 fundaron el Instituto Bíblico Inter-denominacional, siendo la primera institución de la educación teológica en el país. Sin embargo, este instituto funcionó solo dos años debido a la inesperada partida a la presencia del Señor de la misionera María Allan.
La visión que sembraron los Allan de capacitar al liderazgo de la iglesia, se mantenía latente y en el año 1946, los misioneros Carlos y Elena Wintersteen fundan el Instituto Bíblico Nocturno en la ciudad de Cochabamba. Teniendo su sede en el lugar que actualmente está ubicada la Iglesia Cristiana Evangélica Bolívar. Este año es considerado como el año del nacimiento de lo que hoy es nuestro Seminario Bíblico de la UCE, que en 1949, adoptó el nombre de Instituto Bíblico Emaús.
El arduo trabajo misionero hizo que las iglesias comenzaron a multiplicarse al igual que las necesidades producidas por dicho crecimiento. En virtud de ello, el Instituto Bíblico Emaús inició clases en turno diurno y residencial a partir del año 1953, bajo la dirección del misionero Jorge Waldek. Funcionando por dos años en Cala Cala, para nuevamente retornar a la Iglesia Cristiana Evangélica Bolívar.
El año 1950, nació la Unión Cristiana Evangélica (UCE), y la Bolivian Indian Mission, ante el crecimiento de la obra que llega hasta el Perú, decide cambiar su nombre en 1965, a la Misión Andina Evangélica (MAE).
En un trabajo unánime de la UCE y MAE, vieron la necesidad de dar mayor énfasis a la capacitación teológica. Por ello en el año 1967 la MAE compró el edificio actual de la calle Jordán, cambiando el nombre por el de Seminario Teológico Jorge Allan, en memoria del pionero de la evangelización entre los quechuas, la educación teológica en Bolivia y fundador de la BIM/MAE. Al año siguiente, el seminario se trasladó al nuevo edificio.
Por las circunstancias en las que se desarrollaba la obra y la crisis económica que enfrentaba la MAE, el año 1973, después de un receso de un año, bajo la dirección del misionero Guillermo Kornfield, junto al apoyo de misioneros y obreros nacionales, realizó una reestructuración y se conviertió en el Seminario Bíblico de Cochabamba, que reinició sus actividades sin interrupción hasta el día de hoy.
Desde 1980 la dirección del Seminario quedó en manos de los bolivianos representado a la UCE. En la década de los 90, la responsabilidad de todas las finanzas se transfirió de la MAE al seminario. El Seminario Bíblico es uno de los primeros seminarios que se afilió a AETAL en julio de 1992. La actual propiedad fue donada por la MAE a la UCE el 12 de octubre de 2006. Es a partir del año 2007 que en el deseo de dar énfasis a la denominación, adoptó el nombre de Seminario Bíblico UCE. En 2016 el seminario fue el tercero en ser acreditado por la AETAL.
El Seminario Bíblico de la UCE es el segundo seminario más antiguo de Bolivia, el primer seminario de la UCE y sigue siendo el seminario más grande e influyente por denominación.